Der Johnsbach wird auf der gesamten Länge vom Fischotter genutzt. Es handelt sich dabei nicht um ein gelegentliches Auftreten von durchwandernden Individuen, sondern um ein etabliertes Vorkommen, das sich auf Enns und Johnsbach erstreckt. Das Gebiet ist allerdings so klein, dass das Streifgebiet eines einzelnen Otters darüber hinausgeht. Es ist davon auszugehen, dass der Johnsbach von zwei erwachsenen Ottern mregelmäßig genutzt wird, gelegentlich auch von zusätzlichen Jungottern oder mHalbwüchsigen.

Die Nachweishäufigkeit im gesamten Einzugsgebiet der Enns ist seit 1999 deutlich angestiegen (1999 27%, 2003 44%, 2006 78%). Daraus kann man schließen, dass der Fischotterbestand in Zunahme begriffen ist, auch im gegenständlichen Natura m2000 Gebiet. Das Natura 2000 Gebiet wurde in fünf gewässermorphologisch und ökologisch begründete Teilabschnitte gegliedert und in diesen wurden die Habitatfunktionen Nahrung, Tagesrastplätze, Jungenaufzucht, Permeabilität und Sicherheit analysiert.

Der Bereich von der Mündung in die Enns bis Johnsbach (Tunnel) ist als suboptimal in Hinblick auf die Nahrung zu beurteilen sind, in Hinblick auf Tagesverstecke als gut, in Hinblick auf die Jungenaufzucht als ungeeignet (Nahrungsmangel); dieser Abschnitt weist keine gravierenden anthropogen verursachten Gefahrenpunkte und keine nennenswerten Barrieren auf, die Otter bei der Erreichung anderer Streckenabschnitte behindern könnten. Der Bereich von Johnsbach (Tunnel) bis zum Talschluss ist in Hinblick auf die Nahrung als mittelmäßig und in Bezug auf Tagesverstecke als gut zu bezeichnen. Dieser Bereich wird offensichtlich auch als Jungenaufzuchtgebiet genutzt. Zu Konflikten mit Menschen kann es unter Umständen an diversen Fischteichen kommen; weiters ist eine Brücke im Ort Johnsbach als problematisch zu beurteilen (KFZ-Unfallgefahr). Auch diese Strecke weist keine nennenswerten Wanderhindernisse auf.

Die Lebensbedingungen für den Fischotter können über das Nahrungsangebot verbessert werden. Der Beseitigung von Migrationbarrieren für Fische kommt dabei besondere mBedeutung zu. Die Wiederansiedlung von Koppe und Edelkrebs sowie die Erhaltung und Förderung von Amphibienvorkommen wäre wünschenswert.

Es wird empfohlen, den Fischotterbestand über regelmäßige Kontrollen von Brücken auf Fischotterhinweise zu überwachen; dies könnte auch Hinweis auf die Entwicklung des Fischotterbestandes in der benachbarten Enns liefern, wo Otter mangels geeigneter Brücken weniger leicht überwacht werden können.

Bei Auftreten von durch Fischotter verursachten Schäden an Fischteichen im Johnsbachtal muss den Betroffenen Teichwirten umgehend geholfen werden, damit es zu keiner Konflikteskalierung kommt. Sollten bestehende Teiche fischotterdicht eingezäunt werden müssen, um Schäden am Fischbesatz zu verhindern, so sollten Ersatzstillgewässer geschaffen werden.