Die Biotopkartierung erfolgte flächendeckend im Maßstab 1:2.000 ab einer Biotopmindestgröße von 100 m bei einer Biotopmindestbreite von 5 m. Als Kartiereinheiten wurden die Biotope entsprechend der "Roten Liste der gefährdeten Biotoptypen Österreichs" (ESSL et al. 2002, 2004 & in Vorb.; TRAXLER et al. 2005) zugrunde gelegt.
Die Aufnahmen wurden in einem Erhebungsbogen, angelehnt an die Biotopkartierung Salzburg (NOWOTNY & HINTERSTOISSER 1994) dokumentiert und in einer MS Access-Datenbank verwaltet. Biotope, die einem gefährdeten Biotoptyp und/oder einem Lebensraumtyp nach der FFH-Richtlinie (FFH-LRT nach Richtlinie 92/43/EWG) zugeordnet werden konnten, wurden zusätzlich mit einer Artenliste dokumentiert. Weiters wurden die Biotope digital auf Farb-Orthophotos abgegrenzt. Die flächendeckenden Geländeerhebungen fanden im Jahre 2006 statt.
Die Taxonomie richtet sich nach FISCHER et al. 2005, die Syntaxonomie nach WILLNER & GRABHERR 2007, GRABHERR & MUCINA 1993 bzw. MUCINA, GRABHERR & WALLNÖFER 1993, ergänzend WILLNER 2001. Zur Ansprache der FFH-Lebensräume wurde ELLMAUER 2005 herangezogen.
Im UG Johnsbach wurden 520 Biotope kartiert, welche auf 909 Einzelflächen nachgewiesen wurden (erhöhte Einzelflächenanzahl durch Vegetationsmosaik auf Dolomitfelsen). Biotope, die nur teilweise innerhalb des UG liegen, wurden flächig auskartiert. Dadurch erhöhte sich die gesamte Kartierungsfläche von 153,7 ha auf 226,5 ha somit um 72,8 ha () oder knapp weniger als die halbe Fläche. Die Flächengrößen der Einzelbiotope reichen von 12 m (Feldgehölz) bis zu knapp 5 ha (Schneeheide-Rotföhrenwald an den Nordabhängen des Hellichten Steins bis zum Humlechnergraben). Durch das Angrenzen von vier weiteren Untersuchungsgebieten (Gseng, Kaderalblschüttgraben, Langgries, Enns) kommt es in der Flächenstatistik zu Überdeckungen mit diesen UG's. Zum Beispiel wird die Mündung des Johnsbaches auch im Teilbericht "Enns" beschrieben, da eine funktionale Trennung dieser Mündungsbereiches (bzw. in den drei anderen Fällen der entsprechenden Seitengräben zum Johnsbach) nicht möglich ist.
